Mạc Phúc Nguyên là con trai của Mạc Hiến Tông (Mạc Phúc Hải), cháu nội của Mạc Thái Tông (Mạc Đăng Doanh). Năm Bính Ngọ (1546) Mạc Phúc Hải lâm bệnh mất vào ngày 8 tháng 5, Mạc Phúc Nguyên lên thay khi còn nhỏ tuổi. Tất cả công việc triều chính đều trông cậy vào chú ruột là Khiêm vương Mạc Kính Điển. Minh thực lục ghi tên Mạc Phúc Nguyên là (莫宏瀷 - Mo Hong-yi - Mạc Hoành Dực).[1]